Gli avvenimenti del 1341 non causarono mutamenti bruschi all'interno del principato trentino: Nicolò da Brno rimase saldo sulla sua cattedra. Ludovico di Brandeburgo cercava infatti alleati per limitare i danni causati dalla scomunica con cui papa Clemente VI, a motivo del clamoroso secondo matrimonio di Margherita, aveva colpito tutta la casata e il territorio tirolese (1343).
Il precario equilibrio si ruppe nel 1346 quando il papa, temendo una nuova spedizione italiana di Ludovico IV, lanciò un appello per una coalizione che difendesse il principato vescovile di Trento e togliesse a Ludovico di Brandeburgo i passi alpini, così da impedire a suo padre, l'imperatore, il passaggio verso la Penisola. Lo schieramento composto dai Lussemburgo e da alcune signorie dell'Italia settentrionale in prima linea i Visconti di Milano dissuase il Bavaro dal tentare la spedizione; l'imperatore, scomunicato ed isolato, fu deposto dai principi elettori in luglio e morì l'11 ottobre successivo. Assecondando i desideri di papa Clemente VI, i principi elettori scelsero come suo successore proprio Carlo di Lussemburgo (Carlo IV). Il nuovo imperatore comparve a Trento nei primi mesi del 1347; la domenica delle Palme assistette alla messa in cattedrale sfilando poi nelle vie della città. Manifestò allora l'intenzione di cedere il Tirolo ai Milanesi: e così, quando cominciò a risalire il corso dell'Adige, trovò scarsi appoggi dalla nobiltà locale, che si sentiva più legata all'ambito tedesco e identificava dunque la propria causa con quella dei Bavaresi. Carlo conquistò e diede alle fiamme Merano, ma non riuscì ad espugnare Castel Tirolo e a vendicare quindi l'onta che il fratello aveva dovuto subire sei anni prima; comprendendo che il paese gli era ostile e che le truppe di Ludovico di Brandeburgo (attestato a Bressanone) impedivano l'arrivo di rinforzi, scelse di ritirarsi, devastando la valle dell'Adige e dando alle fiamme anche Bolzano. Riapparve a Trento il 27 aprile: non era stato sconfitto, ma quello che avrebbe dovuto essere un cammino trionfale si era rivelato un'inutile scorreria. All'inizio di luglio lasciò la città; da Belluno restituì quindi al vescovo di Trento possessi e diritti, con un decreto che non avrebbe mai potuto far rispettare; in settembre tornò a Praga. Nicolò da Brno, rimasto solo, subì il ritorno di Ludovico di Brandeburgo, che nel duca Corrado di Teck aveva trovato l'uomo giusto per governare la regione con il pugno di ferro; a sua volta partì per la Moravia e morì durante il viaggio, a Nikolsburg (oggi Mikulow), alla fine di ottobre o ai primi di novembre del 1347.
La fuga e la morte di Nicolò da Brno lasciarono il principato in condizioni estremamente precarie. Papa Clemente VI, il 12 dicembre 1347, scelse il nuovo vescovo nella persona di Gerardo da Manhac, un francese residente alla corte di Avignone, con l'evidente intenzione di opporsi al partito ghibellino-bavarese. Gerardo, il 4 gennaio 1348, nominò Nicolò Alreim da Brno, nipote del suo predecessore, capitano della città e del territorio. Il nuovo vescovo però non tentò neppure di raggiungere la diocesi, e morì nell'ottobre successivo; il suo capitano non svolse alcun ruolo effettivo. Il duca Corrado di Teck chiese intanto al capitolo di conferire l'avvocazia sull'episcopato a Ludovico di Brandeburgo; ma i canonici si rifiutarono e cercarono anzi di organizzare la difesa del principato, alleandosi con gli Arco, i de Gardellis e i Belenzani. Fecero anche appello ai Carraresi: alla fine del 1348 le truppe dei signori di Padova presidiarono per un certo tempo la città.
Nel giugno del 1348 arrivò anche a Trento la peste nera, che allora impreversava in tutta Europa. Il canonico Giovanni da Parma, nella sua Cronaca, ci ha lasciato una precisa descrizione delle caratteristiche del morbo al quale egli sopravvisse ed insieme l'immagine di una città in cui non solo i rapporti sociali, ma anche quelli familiari venivano devastati («i cristiani si evitavano a vicenda come la lepre il leone, o il sano il lebbroso, e lo dico tanto del padre o della madre nei confronti del figlio e viceversa, e della sorella nei confronti del fratello e viceversa»). A suo dire, nell'arco di sei mesi morirono «di sei persone, cinque».
L'ingresso a Trento del duca Corrado di Teck, nel 1349, rese concreta anche a Trento l'egemonia bavarese. Non solo il vescovo Gerardo da Manhac, scomparso già tra settembre e ottobre 1348, ma anche i suoi successori Giovanni da Pistoia (1348-1349) e Mainardo di Neuhaus (1349-1360), pure scelti dai papi ed espressione del partito imperiale-lussemburghese, non poterono fare il loro ingresso in sede, nemmeno nei territori Riva ed Arco soggetti allora non ai conti di Tirolo, ma agli Scaligeri di Verona. Il capitolo governava spiritualmente la diocesi come se fosse vacante e costituiva un luogo di resistenza' rispetto al potere bavarese, che dopo l'assassinio del Teck (1352) veniva rappresentato dal pievano di Tirolo Enrico di Bopfingen (figura inusuale ma non per l'epoca di ecclesiastico governante e combattente).
La posizione di Ludovico era però messa in discussione dalla sua anomala unione con Margherita che, come detto, era alle sue seconde nozze. Vennero dunque ben presto intavolate trattative con la curia papale allo scopo di ottenere l'annullamento del primo matrimonio e conseguentemente la cancellazione della scomunica che aveva colpito la coppia. Il duca d'Austria Alberto II, che stava puntando a dare in sposa sua figlia a Mainardo III, figlio di Margherita e Ludovico, fece quanto possibile per favorire l'annullamento del primo matrimonio, senza il quale la posizione dei genitori del giovane erede della contea appariva indifendibile. Verso il 1358 sembrò che le cose stessero definendosi a favore di un rafforzamento del potere bavarese in Tirolo: Ludovico promise, tra l'altro, di restituire quanto aveva usurpato alla Chiesa di Trento, le prime nozze furono annullate e nel settembre 1359 venne solennemente (ri-)celebrato il suo matrimonio con Margherita del Tirolo. Sembrava imminente la restituzione al vescovo di Trento del potere temporale; in questo contesto però Mainardo di Neuhaus, che non aveva mai neppure tentato di governare la diocesi, diede le dimissioni (fine di agosto del 1360).
Il 31 agosto 1360 il papa affidò la chiesa trentina al carinziano Alberto di Ortenburg. Questi era un protetto del duca d'Austria Alberto II, con il quale si era anzi accordato tre anni prima: se il duca fosse riuscito a fargli ottenere la cattedra trentina, l'Ortenburg si sarebbe dimostrato riconoscente e avrebbe operato secondo la volontà dei duchi d'Austria. La nomina va dunque letta nel quadro del progressivo aumento del potere degli Asburgo nell'area. All'inizio degli anni sessanta tale processo ebbe però una rapida accelerazione. Il 17 settembre 1361 morì Ludovico di Brandeburgo; il 13 gennaio 1363 scomparve anche il giovane figlio ed erede Mainardo III (i contemporanei vi videro due avvelenamenti). Il 26 gennaio Margherita, rimasta sola e senza eredi, cedette il Tirolo a Rodolfo, Alberto e Leopoldo, duchi d'Austria, in quanto suoi parenti più prossimi (erano secondi cugini); il 5 febbraio i due vescovi di Trento e di Bressanone investirono Rodolfo d'Asburgo dell'avvocazia sui due episcopati. Dopo sei anni di egemonia boemo-lussemburghese e ventidue di potere bavarese, Trento e il Tirolo finirono così nell'orbita austro-asburgica.
Alberto di Ortenburg aveva preso possesso della sua diocesi il 24 gennaio 1363, quando era ormai chiaro quale sarebbe stato l'esito delle lotte per l'egemonia in Tirolo. Il 18 settembre successivo la firma di una convenzione tra il duca Rodolfo IV e il vescovo Alberto di Ortenburg (le «compattate»), formalmente paritaria ma in realtà molto onerosa, diede base giuridica agli equilibri di potere allora raggiunti.
